De afgelopen jaren wordt de bestuurlijke regionale samenwerking in toenemende mate vorm gegeven door het aanvragen en uitvoeren van Regio Deals. De Regio Deals vormen hierbij veelal de motor voor de samenwerking in het betreffende gebied. 
Onderstaand wordt nader ingezoomd op de Regionale Samenwerking in Noordoost, Zuidoost, Zuidwest, Noordwest en de Waddeneilanden.
Regio Noordoost-Fryslân
In de regio Noordoost Fryslân participeert de provincie in de Regio Deal die uit twee onderdelen bestaat.  De Versnellingsagenda die in 2026 financieel wordt afgerond, zette zich in  op het versterken van de relatie tussen onderwijs en arbeidsmarkt, het versterken van innovatie en de doorontwikkeling van de publiek-private regionale samenwerking (overheid, onderwijs, ondernemers en inwoners). Hiermee is  een bijdrage geleverd aan een economisch vitale regio.  De cofinanciering van dit onderdeel van de Regio Deal door de provincie is in 2018 vastgesteld op € 5,7 mln,
 Ook het project Holwerd aan Zee, gericht op het versterken en behouden van de leefbaarheid en werkgelegenheid  in Holwerd en omgeving, is onderdeel van de huidige Regio Deal. PS heeft in november 2024 besloten de deelname aan het project te beëindigen.  Voor de resterende middelen wordt in afstemming met de Regiodealpartners een andere besteding binnen de doelen gezocht. 
De regio heeft begin 2025 de toekenning gekregen voor een nieuwe Regio Deal in de 6e en laatste tranche van de Regio Deals. Na sluiten van de deal in november 2025 gaat de deal over in de uitvoeringsfase.  Binnen de Regio Deal zijn vier programmalijnen, te weten Noflik Wenje, Ferbining, Undernimmend en Gearwurking. Samen met de vier gemeenten en het Wetterskip werkt de provincie hierin samen om regionale en provinciale doelen binnen deze thema's te bereiken. De provincie heeft hierin een cofinanciering van € 3,6 mln. toegezegd vanuit bestaande middelen voor het IMF, de DOM's en mobiliteit. 
Aanvullend op de Regio Deal is in 2022 de samenwerkingsagenda ANNO III (Agenda Netwerk Noordoost) vastgesteld met als belangrijkste opdracht om de regio in 2040 te laten uitgroeien tot de topregio van Noord-Nederland voor wat betreft wonen, werken en recreëren. De uitvoering van de Agenda is een samenwerking tussen provincie, Wetterskip, vier gemeenten, kennisinstellingen en ondernemers uit de regio. Er is geconcludeerd dat de huidige agenda te breed is en te weinig focus kent.  De agenda wordt herijkt en hiermee qua governance- en uitvoeringsstructuur samengevoegd met de nieuwe Regio Deal. 
De regio Noordoost werkt samen met Noordwest aan een regioplan en bijbehorend uitvoeringsprogramma in het kader van het Nationaal Programma Vitale Regio's. 
Regio Zuidoost-Fryslân
De Regio Deal zuidoost-Friesland is op 1 oktober 2025 beëindigd. De financiële verantwoording loopt deels nog door in 2026. De samenwerking in deze regio krijgt nu verder vorm via Elke regio telt/Nationaal Programma Vitale Regio's. 
Regio Noordwest-Fryslân                                                                                                                                                
Regio Deal Noordwest Fryslân is een samenwerking tussen het Rijk, de provincie, het Wetterskip en de gemeenten Waadhoeke, Leeuwarden en Harlingen. Op 1 november 2023 is het Convenant ondertekend door de Minister van BZK en dit heeft vervolgens op 8 mei 2024 tot een samenwerkingsovereenkomst geleid. Hierin zijn bestuurlijke afspraken vastgelegd over de besluitvorming rond de inzet van Rijksmiddelen. De inhoud en de programmalijnen zijn verder uitgewerkt in een Programmaplan.  De Regio Deal kent drie programmalijnen, namelijk Vitale Economie, Kwaliteit van Leven en Natuurlijk in Balans die allen bijdragen aan de Brede Welvaart van de regio. De deal heeft een omvang van €40 miljoen euro waarbij de helft van dit bedrag als cofinanciering door de samenwerkende regiopartners wordt opgebracht. De provincie staat garant voor een bijdrage van €5 mln.
Uitvoering van de Regio Deal is inmiddels een jaar onderweg en er zijn al diverse Bestuurstafels geweest waar positieve besluiten zijn genomen over projecten in de verschillende programmalijnen. In 2026 zal het overgrote deel van de geplande projecten in uitvoering gaan. De Bestuurstafels worden sinds kort gecombineerd met werkbezoeken aan Regiodealprojecten die in voorbereiding of in uitvoering zijn. Ter bevordering van de onderlinge samenwerking en kennisuitwisseling worden jaarlijkse Regiodealdagen georganiseerd voor alle betrokkenen. Ook vinden met enige regelmaat Rijk-Regio overleggen plaats.
De provincie levert met name inzet in de vorm van cofinancieringsmiddelen en een lijntrekker voor programmalijn Natuurlijk in Balans. Deze programmalijn richt zich op landbouw,  biodiversiteit, een gezonde bodem en water en dient daarmee belangrijke provinciale doelen.
Regio Zuidwest-Fryslân
De regionale samenwerking in Zuidwest Fryslân wordt vormgegeven via de Gebiedsagenda Súdwesthoeke. Belangrijke thema's zijn hierbij Nationaal Landschap, Netwerk Mienskipsinitiatieven en LEADER.  
Daarnaast is met ingang van 2025 de uitvoering van de Regio Deal Zuidwest gestart. Organisatorisch en bestuurlijk is daarbij aansluiting gezocht en gevonden bij de gebiedsagenda.  Het Programmaplan is vastgesteld en de eerste 60 projecten worden nu verder uitgewerkt richting realisatie. De provincie staat garant voor een bijdrage van € 5 mln.
Eveneens is met ingang van 2025 de regio Zuidwest geselecteerd als LEADER-gebied. Op basis van de Lokale Ontwikkelstrategie (LOS) zijn inmiddels de eerste subsidies toegekend. 
Regio Waddeneilanden
In 2023 heeft het kabinet een positief besluit genomen op de aanvraag Regio Deal van de Friese Waddeneilanden en de provincies Fryslân en Noord-Holland (Texel), waarbij de regio maximaal een bedrag van € 15,5 mln. krijgt toegekend. De opgaven en ambities zijn verdeeld over vijf programmalijnen, te weten: goed wonen & leven, toekomstbestendig ondernemen & ontwikkelen, optimaal bereikbaar & verbonden, duurzame energie en circulaire economie.  In 2025 is de uitvoering gestart. De Stuurgroep Regiodeal Waddeneilanden heeft inmiddels fiat gegeven voor meer dan de helft van het programma. Het zwaartepunt van de uitvoering ligt in de periode van 2025 tot en met 2027. De cofinanciering  vanuit de provincie ad € 5,2 mln. heeft deels al plaatsgevonden via een lumpsum bijdrage.  
Waddengebied
Voor wat betreft het Waddengebied (Waddeneilanden, Waddenzee en Waddenkust) werken we samen met Rijk, regionale overheden en stakeholders in één governance. Hierbij vormt de Agenda voor het Waddengebied 2050  en het bijbehorende Uitvoeringsprogramma Waddengebied 2021-2026 het vertrekpunt. Verder geven we samen met de provincies Noord-Holland en Groningen uitvoering aan het Waddenfonds en het interprovinciale Investeringskader Waddengebied 2016-2026. Zie ook Programma 1, beleidsveld 1.5 Bestuurlijke samenwerking.